Μετά τη λήξη των δηλώσεων των εργαστηριακών τμημάτων θα καθοριστούν ημερομηνίες για τροποποιητικές δηλώσεις (όπως κάθε εξάμηνο).
Στις παραπάνω ημερομηνίες όλοι οι φοιτητές/φοιτήτριες, θα έχουν τη δυνατότητα να αντικαταστήσουν μαθήματα που δήλωσαν στην 1η φάση με άλλα για οποιοδήποτε λόγο (π.χ. για να τακτοποίήσουν καλύτερα το ωρολόγιο πρόγραμμά τους).
Ειδικότερα όσοι/σες ξεκινούν το 3ο ή το 5ο τυπικό εξάμηνο των σπουδών τους και θέλουν να δηλώσουν μάθημα που ανήκει σε μια από τις 3 κατευθύνσεις του παλιού τμήματος Μηχ. Πληροφορικής (ΜΛΟ, ΜΗΥ, ΜΔΥ), θα μπορούν να το κάνουν. Ο λόγος που δεν εμφανίζονται τα μαθήματα αυτά στην ΠΥΘΙΑ αυτή τη στιγμή είναι γιατί δεν έχει προηγηθεί δήλωση επιλογής κατεύθυνσης (την οποία υποβάλουν οι φοιτητές/τριες των μεγαλύτερων εξαμήνων. Στις τροποποιητικές δηλώσεις η επιλογή των μαθημάτων κατεύθυνσης θα γίνεται χωρίς να απαιτείται η δήλωση επιλογής κατεύθυνσης.